Qui suis-je ?/ Who am I ?

Je suis professeur depuis 2005 à l'université d'Evry Val d'Essonnes. En 2000 je me suis reconverti vers la bioinformatique. Auparavant, mes thèmes sujets de recherches concernaient le calcul hautes performances et les Grilles: Compilation pour les langages parallèles, parallélisation de structures creuses, environnement de structures creuses pour le calcul parallèle intensif. A présent, mes sujets de recherche concernent l'étude de la dynamique des réseaux biologiques, la biologie synthétique et la théorie des jeux à base de réseaux.

ENGLISHI am professor at Evry University since 2005 - In year 2000, I did a thematic conversion to the bioinformatics field. Before this year, my research topics were concerned high performance computing, namely: Compilation for high performance computer, sparse matrix parallelization, communication compilation for data-parallel languages. Now, my research topics concern the study of the dynomics of biological networks, network in game theory and recently, synthetic biology.

Sujet de Recherches/ Research Topics

Les sections suivantes décrivent mes différents sujets de recherches. Je la complète régulièrement.

ENGLISH
The following section describe my research topics. They are updated regularely.

Biologie Computationnelle
Computational Biology

Ce thème a pour objet l"étude des propriétés dynamiques des réseaux biologiques par des méthodes informatiques théoriques. Il s'agit de développer un corpus de méthodes fondamentales et appliquées permettant d'exhiber les propriétés des réseaux biologiques. Plus précisement, nous étudions l'analyse causale des réseaux biologiques

ENGLISHThis topic is focused on the study of dynamical properties of biological networks based on theoretical computer methods. The issue is to develop a set of methods to exhibit some properties of biological networks. More precisely we focus on the causal analysis of the regulation in order to understand and to infer rules governing the dynamics.

Biologie synthétique
Synthetic Biology

BSLa biologie synthétique constitue un domaine interdisciplinaire émergent visant à développer une ingénierie pour le génie génomique. Il représente une nouvelle voie possédant des interactions très forte avec la biologie des systèmes. Son objectif est à terme de concevoir de grands systèmes de synthèse en biologie. Son essor s'appuie technologiquement sur les progrès des techniques de lecture (séquençage) et d'écriture (synthèse) de l'ADN dont la croissance s'assimile à celle connue précédemment pour la conception des processeurs. Son développement s'architecture de manière similaire à celui des composants électroniques par l'assemblage de briques élémentaires (bio-brick) afin de former des composants ; eux-mêmes considérés comme des parties d'un système plus intégré. Les verrous actuels de ce domaine scientifique concernent la caractérisation des bio-bricks et de la maîtrise de leur assemblage, notamment les phénomènes d'interférences entre différents réseaux de régulation. Afin de faciliter la conception de grands réseaux synthétiques, nous étudions un environnement de conception de systèmes synthétiques qui repose sur la définition d'un langage de programmation permettant de programmer ces systèmes - Le projet SYNBIOTIC ,soutenu par l'ANR (ANR Blanc 2010), a pour objectif l'étude d'une tour de langage de programmation pour la biologie synthétique. Il est . Pour plus information, article du Huffington Post et une vidéo (TEDx Paris Salon) , rendez-vous sur le site SYNBIOTIC>>

ENGLISHSynthetic biology is an interdisciplinary emergent domain aiming at sustaining an engeenering approach for genome engeeneering. The advance on synthetic biology is laid to a large extend on the maturing of the design of large reliable synthetic system with, as long-term goal, the design of de-novo synthetic genome. Then, the field looks forward settling principles and tools to make the biological devices "programmable" and inter-operable by enforcing the control and the interaction reliability of synthetic devices.

In this undertaking, computer-aided-design (CAD) environments play a central role by providing the required features to engineer systems: specification, analysis, and tuning. The methodology applied here mimics the electronic design circuits based on the assembly of components (biobricks). Although, the design-as-part-assembly iis tractable for small synthetic systems, such level of description can be hardly envisioned at genome-scale due to the required size for the description. Genome-scale programming can be considered as the computing development of Genome engineering that refers to an extensive and intentional modification of replicating system for a specific purpose. Therefore, scaling up the complexity of devices necessitates to foresee new generation of CAD environments based on higher level of abstraction and on an automatic conversion of the design into DNA sequences, like compilers for programming languages.

High level programming language is announced as a key milestone of the second wave of synthetic biology for overcoming the complexity of large synthetic system design. Nonetheless, language technology for synthetic biology is in its infancy and transforming this vision to a common reality in design remains a daunting challenge.

We investigate this issue in the SYNBIOTIC project, granted by the french national research agency (ANR Blanc 2010). See the web-site for more information SYNBIOTIC>>.

Théorie des Jeux et réseaux
Game network Theory

Game TheoryLa théorie des jeux se propose d'étudier des modèles, appelés jeux, où des individus prennent des décisions, chacun étant conscient que le résultat de son propre choix dépend aussi de celui des autres. C'est pourquoi on dit parfois de la théorie des jeux qu'elle est une théorie de la décision en interaction. De récentes extensions de la théorie considère les réseaux comme un nouveau "terrain de jeux". Le réseau définit une structure d'interactions introduisant une localité représentée par les connexions. Très généralement, nous étudions comment rapprocher ces deux domaines. Je collabore sur ce projet avec Pierre Lescanne (LIP-ENS Lyon)